Az 1998-ban Franciaországban rendezett világbajnokságon Zidane két, szöglet utáni fejesgólt jegyzett a Brazília elleni döntő mérkőzésen, s ezzel Franciaország megszerezhette első világbajnoki címét. Zidane még abban az évben megkapta France football szakmagazin által odaítélt aranylabdát és elnyerte a FIFA-tól az év játékosa címet. A 2000-es labdarúgó-Európa-bajnokságon ismét győzelemre vezette a francia válogatottat, s ezzel a kettős győzelemmel (világbajnokság és Európa-bajnokság – ebben a sorrendben) addig egyetlen más csapat sem dicsekedhetett. Teljesítményével Zidane ismét elnyerte az év FIFA-játékosa címet.

Fiatal francia szurkoló a 2006. évi világbajnokság alatt

2001 nyarán Zinédine Zidane 77 millió eurós rekordösszeggel igazolt át a Real Madrid-ba. Játéka tovább fejlődött a spanyol klubban, amellyel 2002-ben megnyerte a Bajnokok Ligáját. A döntőben 2:1-re győztek a Bayer 04 Leverkusen együttese ellen. Zidane olyan helyzetből lőtt gólt, mely ballábasoknak is dicsőségére válna.

A 2004-es labdarúgó-Európa-bajnokság nem úgy sült el ahogy várta. Görögország a negyeddöntőben óriási meglepetésre búcsúztatta Zidane-ékat, és ő emiatt (is) 2004. augusztus 4-én bejelentette visszavonulását a francia válogatottból. 2005. augusztus 3-án – gyakorlatilag egy évvel később – azonban visszatért azzal, hogy – amennyiben a franciák továbbjutnak – a 2006. évi világbajnokság végéig kerettag marad.

Visszatérése utáni első mérkőzés augusztus 17-én volt Elefántcsontparti labdarúgó-válogatott ellen, melyet a franciák 3-0-ra nyertek – egy gólt Zidane lőtt. Ekkor nevezték ki a válogatott csapatkapitányának.

Ő vezette a kékeket a 2006. évi németországi világbajnokságon, ahol két kezdeti döntetlen (Svájc: 0-0, Koreai Köztársaság: 1-1) után a haramdik csoportmeccsen 2 góllal kellett verni Togót a biztos továbbjutáshoz. Zidane sárgák miatt nem játszott, de a gallok így is 2-0-ra nyertek és csoportmásodikként jutottak tovább. A további mérkőzéseken előbb a spanyolokat verték 3:1-re, majd a brazil válogatottat 1:0-ra. A 34 négy esztendős Zidane bámulatos formában irányította az európai csapatot. Szemet gyönyörködtető cselekből, hajszálpontos passzokból tartott bemutatót a világ előtt, s Zidane-nak a gólban is elévülhetetlen érdemei voltak.

Marseille városa egy 10x15 méteres óriás portrét festetett gyermekéről egy épület falára, mely a tenger öblére és kikötőre néz