Ha Zidane első madridi évei lehetővé is tették a spanyol bajnoki cím elnyerését, és főleg karrierje során először és egyetlen alkalommal elnyerni a Bajnokok Ligáját, hamarosan megmutatkoztak Florentino Perez „óriássztárok” politikájának korlátjai. 2003 óta a nagy Real semmit sem nyert meg, és mind a pályán, mind pedig a klub állományában és szervezetében bizonytalanság mutatkozott. Ez volt az oka, hogy a 10-es számmal játszó francia fizikai állapota romlani kezdett, míg végül 2006. április 25-én bejelentette: a németországi világbajnokság után végleg visszavonul.

A képességeivel tisztában lévő Zidane elismerte, hogy már messze nincs azon a szinten, mint karrierje csúcsán, és lejárta előtt egy évvel felbontja szerződését. Döntésében kétség kívül nagy szerepet játszott az őt a Real-hoz szerződtető Florentino Perez távozása is. Zidane utolsó mérkőzését a Villarreal ellen játszotta a Bernabéu stadionban. Az őt köszöntő szurkolók egyértelmű bizonyságát adták, hogy a számukra Zidane örökre a világ egyik legnagyobb játékosa marad. Egyébként Zidane, egy XXÍ. századi portré címmel 2006 májusában Franciaországban mozikba került dokumentumfilmet versenyek kívül vetítették a 2006-os cannes-i filmfesztiválon.

2006. július 1-jét arany betűkkel jegyzik Zinédine Zidane életében. A francia válogatott játékosainak nem került nagy erőfeszítésébe ellenőrzése alatt tartani a meccset az erőtlen brazilokkal szemben; a főszereplő a csapatkapitány lett. Ezen a napon Zidane szárnyalóbb volt, mint valaha, a FIFA a meccs emberének választotta. Triblizett, zsonglőrködött a brazil játékosok feje felett, és főleg – élete során először – döntő jelentőségű passzot adott Thierry Henry-nak. Örökre feliratkozott a labdarúgó-világbajnokságok olyan játékosok közé, mint Johan Cruyff, Diego Maradona és Pelé. E meccs után egyébként Pelé király „mágusnak” nevezte Zidane-t. A döntőben lőtt góljával Vavá, Geofrrey Hurst és Pelé nyomdokaiba lépett, akik világbajnoki döntőn három gólt rúgtak. Karrierje megdicsőüléssel végződhetett volna…